神秘的EVA零号机驾驶员绫波丽,在与碇元度约定之时,来到了NERV底层中央教条的红色水池边。她的命运似乎就将在此结束。 在危急时刻,葛城美里不但要完成加持良治交待的对“第二次浩劫”真相以及“人类补完计划”的探查工作,还要保护碇真嗣与明日香,以及防备SEELE对初号机与二号机的物理接触。 出于对碇元度的憎恨,赤木律子接受了SEELE引爆MAGI的提案,她能否成功?长期与SEELE共事的碇元度、冬月耕造、碇唯,为了防止人类“最终的悲剧”,而酝酿了的“人类补完计划”能否实现?尽在《新世纪福音战士》电影版第2部中解答。